本野原遺跡は、平成13年に発掘調査が行われ、西日本でも有数の縄文時代前期から後期にかけての集落遺跡であることが確認された。
この遺跡の特徴は、まず竪穴住居が総数１１３軒確認され、特に縄文時代後期の住居だけでも100軒を超える数が確認されたことである。この数は現在確認されている縄文時代後期の集落として西日本でも有数のものである。
二つ目には、西日本では初例といえる大型の掘立柱建物跡が３棟検出されたことである。この大型の掘立柱建物は、柱穴の規模などが通常のものよりも遙かに大きく、東日本で見られるものと類似している。
　三つ目は、関東地方の縄文時代後期の遺跡でよく見られる土木工事の痕跡が確認されたということである。これは環状の盛り土や窪地、道などが確認され、関東から遠く離れた九州で類似した土木工事の痕跡が確認されたことは驚くべきことである。
四つ目には、環状に配された多数の土坑が確認されたことである。
このように、本野原遺跡は南九州はもとより、西日本の中でも大規模で希有な縄文時代の貴重な集落遺跡といえる。