三ヶ所神社は、昌泰年間（898～901年）の創建とされ、石刻門守神像２面（応永４(1397)年制作、昭和40年８月17日県指定）を有する。
　現社殿は、棟札から、文政元（1818）年の修復であり、作者は、大工棟梁・豊後原浦「牧彦辺兵衛實之」、杣工・豊後鶴崎「利吉」等番匠15人であると推定される。
　本殿の特徴は、建物全体に施された秀逸な彫物と組物及び付属する脇社と脇障子にある。江戸時代末の建物でありながら、随所に桃山社殿建築作風と神仏混淆の様式を感じさせる。
　腰組は、亀腹に、円形束の頭を粽に仕上げ、地覆・足固め頭貫・台輪で束を固め、三手先迫持の腰組構法として、詰組等の禅宗様技法を採用している。回廊上には跳ね高欄を四方に廻らせ、正面向かって左側に脇社（一間社両流れ造、銅板茸）、右側に脇障子を45度に振り付けし、障子板にも中国の故事が彫刻されている。
　これらの特徴を有する三ヶ所神社本殿は、県内はもとより国内でも希少なものであり、県指定有形文化財としての価値を有するものである。