JR吉都線の駅舎である。建物の構造は、瓦葺きの切妻屋根木造平屋造りで、向かって右半分が待合室、左半分が駅事務所・休憩室・倉庫にあてられている。
現在の吉都線は、鹿児島県姶良郡湧水町の吉松駅から宮崎県都城市の都城駅まで１７の駅があるが、えびの駅は大正元年開業当時から現存する唯一の木造駅舎として、非常に貴重なものである。
下見板張と真壁からなる外観、出札口、荷物扱口、待合室ベンチ等の造作をよく残し、往事の鉄道景観を今に伝えている。